證所稅雖然今年起停徵，但去年若有買賣興櫃、IPO（初次上市）或未上市櫃股票的民眾，仍適用證所稅，可能要繳交末代證所稅。要注意是否要申報證所稅，以免被補稅。
台北國稅局表示，一般投資人去年在股市買賣上市櫃股票不用課證所稅，必須課徵證所稅的股票，只有未上市櫃股票、興櫃股票100張以上，以及IPO股票。但屬101年底以前IPO，以及屬抽籤取得的IPO股票數量在10張以下，都排除課稅。
賣出興櫃股票100張和抽籤取得IPO股票10張，是課稅門檻不是免稅額，只要超出門檻，就是獲利統統要要課稅，不是只有超過的部分要課稅。
證所稅採分離課稅但要與綜所稅合併申報，售股的收入減去原始成本與必要費用後，獲利課15%的稅，持有未上市櫃、興櫃股票1年以上，所得可減半課稅，至於IPO股票於上市櫃後繼續持有滿3年以上，則按所得的25%課稅。
申報證所稅時，要檢附買賣報告書、對帳單、收付款紀錄、證交稅繳款書、買賣契約報告書或其他證明買賣價格與日期的文件。
若是賠錢且核實申報，就不必繳證所稅。台北國稅局表示，同一戶中，本人、配偶或受扶養親屬的證券交易所得不合併計算，而是個別計算損益後，分開計算應納稅額，虧損也只能當年度自同一個人證券交易所得中減除，再由納稅義務人合併申報繳稅。
判斷所賣出的股票是否要課稅是採先進先出法，但計算課稅成本則是以加權平均法來計算。
無法證明原始成本者，則依股票類型以不同比率推計交易所得額。IPO股票以實際成交價格的50%計算所得額；其餘上市櫃或興櫃股票，以實際成交價格的15%計算所得額；未上市櫃股票以成交價20%計算所得額。
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